1.科学分析水文过程

水利工程既要为自然生态环境服务，又要为人们的生产生活服务，因而具有服务广泛性的特点。鉴于这个特点，生态水利工程在设计的过程中，应该要科学地分析水文过程，对于生态目标对水资源的配置要求和需要规律做好分析和计算，从而更有针对性地进行设计。例如，在设计一项水利工程的时候，可以从水利工程对于湿地、林业、草原、农业、畜牧业、江河湖泊等的影响，又要分析水利工程对于工业、居民生活、消防、绿化等人文需求的影响，只有在综合分析之后，才能实现生态水利工程自然与社会的双赢。

2.划出主要生态敏感目标

一项水利工程对周围的自然环境都会产生影响，但因为环境的自我修复功能和影响的大小，有些影响可以忽视，而有些影响早已在环境承受和消化范围之外，不加以重视可能会带来严重的后果。对此，在进行生态水利设计的时候，要对影响水利建设直接或者间接影响的关键性生态目标进行明确，通过人工修复或者不进行破坏等设计方式有效地避免水利工程对于生态环境的影响。

3.生态水利设计与环境工程设计协调一致

在生态水利设计过程中，要对环境的特点与承受能力做好分析，就要引进环境工程的设计原则和要求，使得设计方案实现工程与环境的协调一致。一般说来，应该注意以下几点：一，设计方案要注重泥沙或者污染物进入湿地系统或者水环境系统，可以通过生态处理沟渠或者氧化塘来化解；二，针对需要大量水的农作物，如水稻，需要对水量的合理利用和水质的净化为设计要素，避免水资源的浪费和污染。